Արցախի անկախացումից հետո ՀՄԸՄ-ը մուտք գործեց Արցախ։ Որոշ ժամանակ հետո, ժամանակավոր դադարեց գործել։ 2019-ին պաշտոնական ՀՄԸՄ-ը մուտք գործեց Արցախ՝ դառնալով 111-րդ մասնաճյուղը։